Struktur organisasi di UPT SDI Benteng Timur No.112 Kepulauan Selayar disusun untuk mendukung kelancaran proses pendidikan. Kepala Sekolah berada pada posisi teratas sebagai penanggung jawab utama. Di bawahnya guru-guru, serta tenaga kependidikan. Setiap bagian memiliki tugas dan tanggung jawab masing-masing, mulai dari bidang kurikulum, kesiswaan, sarana prasarana, hingga hubungan masyarakat, untuk mewujudkan visi dan misi sekolah.